擴展性問題
隨著區塊鏈網絡中的參與者和交易量增多，系統處理交易的能力會變得受限，這就是所謂的可擴展性問題。例如，比特幣和以太坊在高峰時段處理交易的速度會大幅下降，交易確認可能需要很長時間，並且區塊鏈隨著數據增長，交易費用也會隨之上升，這給用戶帶來了不便，同時限制了區塊鏈的應用擴展。
安全風險
儘管區塊鏈技術具備高度的安全性，但它並非完全無法攻破。區塊鏈網絡可能遭受51%攻擊，也就是當超過一半的節點被惡意控制時，攻擊者能夠篡改交易記錄，操控整個網絡。此外，智能合約的代碼中若存在漏洞，可能會引發重大損失。例如，2016年的DAO事件就是由於智能合約漏洞，導致大規模的資金損失。
法律與監管不確定性
區塊鏈技術的迅速發展使其在全球範圍內的法律和監管框架尚未完全明確。這樣的不確定性帶來了法律風險，特別是在涉及跨境交易或多個法律管轄區的情況下。例如，一些國家可能會對加密貨幣進行限制或禁止，這對於依賴區塊鏈技術的企業和用戶來說，無疑是一大挑戰。
能源消耗問題
使用工作量證明（PoW）共識機制的區塊鏈（如比特幣）需要大量的計算能力來驗證交易，這導致了巨大的能源消耗，對環境造成不小的影響。雖然一些區塊鏈系統正在轉向較為節能的共識機制，如權益證明（PoS），但能源消耗仍然是區塊鏈技術面臨的主要問題之一，尤其是對於大規模應用來說。